cxd_map

Merged into CXD (https://github.com/NaNIsaac/CXD); this repo is no longer maintained.

Bragg coherent X-ray diffraction (BCDI) peak analysis: maps a 3D diffraction pattern around its center of mass onto a (cos θ, φ) angular histogram, finds streak/facet directions with DBSCAN, plots intensity line profiles along opposite direction pairs, and renders a 3D VTK view of the pattern in reciprocal-space coordinates.

3D 회절 패턴(ROI .mat)의 질량중심 기준 방향 분포에서 스트릭 방향을 찾아 축별 라인 프로파일을 그리는 분석 스크립트. 개인 분석 코드이며 유지보수되지 않음. 이후 작업은 CXD 에서 진행 (.mat 로더 cxd.core.io_util.load_cxd_mat, CoM 등).

Requirements

Python 3.13+, numpy, scipy, scikit-learn, matplotlib, vtk. pyproject.toml 에는 napari, pyvista, trame 도 있지만 코드에서는 쓰지 않음.

Usage

uv sync
$env:PYTHONPATH = "src"     # pyproject 에 build-system 이 없어 cxd_map 이 설치되지 않음
uv run main.py

경로가 하드코딩되어 있음: main.py 의 data_dir, save_dir, run_ns (기본 D:\05_Resources\Data\9C_260324\onsite\ROI\scan_0255.mat) 를 수정. 입력은 data 키에 (y, x, frame) 배열이 든 MATLAB .mat 파일이며 (frame, y, x) 로 전치해 읽는다. 임계값(img_thres, hist_thres), DBSCAN eps, 검출기 기하(params: 파장, 로킹 스텝, 거리 D, gamma, delta, 픽셀 크기 → shear_correction 으로 역격자 변환 행렬 계산) 도 main.py 에 있다. 결과는 save_dir/plot_<run>.png (라인 프로파일) 와 save_dir/vtk_<run>.png (3D 렌더, 오프스크린).

notebooks/test.ipynb 는 같은 과정을 단계별로 그려 보는 노트북 (경로 동일하게 하드코딩).

Structure

main.py                    라인 프로파일 추출 · 대칭 방향 짝짓기 · 플롯
src/cxd_map/io_util.py     load_roi_mat
src/cxd_map/statistics.py  center_of_mass
src/cxd_map/mapping.py     shear_correction, map2solid_angle, map2spherical, extract_peak_from_2d_map (DBSCAN)
src/cxd_map/visualize.py   vtk_visualize_cxd (3D 렌더 · PNG 저장)
src/cxd_map/analysis.py    extract_peak_directions (main.py 에서는 미사용)