[sylvesterkaczmarek]

Summary

Allow the source Enformer model to configure output heads instead of hard-coding only the published human and mouse track counts.

The implementation currently creates {'human': 5313, 'mouse': 1643} inside Enformer.__init__, which means users adapting the architecture to another species cannot specify a different target set without editing the model source. This is the limitation raised in #297.

This change:

• adds an optional heads_channels mapping to Enformer.__init__
• preserves the existing human and mouse heads by default
• preserves the existing positional constructor arguments by adding the new option after name
• rejects an empty head mapping
• adds focused tests for a custom pig head and the empty-mapping case
• documents that newly configured heads need training because the published checkpoint contains only the published heads

Fixes #297.

Validation

The final branch is based directly on current upstream master and contains one commit (3f3400ec93d7fdc8aa5dcc64dda8c230b104534d).

The final diff changes only:

• enformer/enformer.py
• enformer/enformer_test.py
• enformer/README.md

The legacy Enformer/TensorFlow dependency stack is not installed in this execution environment, so the tests were not executed locally and no local test pass is claimed.

[polarbe]

Dooray! 메일 발송 실패 안내 메일 발송 실패 안내 ***@***.***) 님께 보낸 메일이 전송되지 못하였습니다. 실패 사유를 확인해보세요. * 받는 사람 :  ***@***.***) * 발송 시간 :  2026-08-24T03:08:11 * 메일 제목 :  [google-deepmind/deepmind-research] Support configurable Enformer output heads (PR #762) * 실패 사유 :  받는 사람이 현재 메일 수신을 제한하고 있습니다. 이 설정은 개인 또는 조직의 메일 수신 정책에 의해 적용되었습니다. 이 메일은 발신전용으로 회신되지 않습니다. 더 궁금하신 사항은 ***@***.*** 으로 문의해 주시기 바랍니다. © Dooray!.

[sylvesterkaczmarek]

Could a maintainer review the configurable Enformer output heads and arrange a fresh approved workflow run? The previous security run ended with no jobs after 30 days, which looks like expired approval.

[polarbe]

Dooray! 메일 발송 실패 안내 메일 발송 실패 안내 ***@***.***) 님께 보낸 메일이 전송되지 못하였습니다. 실패 사유를 확인해보세요. * 받는 사람 :  ***@***.***) * 발송 시간 :  2026-10-07T21:24:38 * 메일 제목 :  Re: [google-deepmind/deepmind-research] Support configurable Enformer output heads (PR #762) * 실패 사유 :  받는 사람이 현재 메일 수신을 제한하고 있습니다. 이 설정은 개인 또는 조직의 메일 수신 정책에 의해 적용되었습니다. 이 메일은 발신전용으로 회신되지 않습니다. 더 궁금하신 사항은 ***@***.*** 으로 문의해 주시기 바랍니다. © Dooray!.